Кисляк, Сергій ВолодимировичГеґель-Валентичь, Йован Юрійович2025-03-102025-03-102024Геґель-Валентичь, Й. Ю. Вплив уридинової тетради на стабільність G-квадруплексів фрагмента 24200 РНК SARS-CoV-2 : магістерська дис. : 162 Біотехнології та біоінженерія / Геґель-Валентичь Йован Юрійович. — Київ, 2024. — 100 с.https://ela.kpi.ua/handle/123456789/72813Магістерська дисертація: 100 с., 25 табл., 20 рис., 100 джерел. Тема роботи: «Вплив уридинової тетради на стабільність G-квадруплексів фрагмента 24200 РНК SARS-CoV-2». За допомогою молекулярного моделювання досліджено стабільність G-квадруплексів вірусної РНК SARS-CoV-2 та вплив уридинової тетради на їх структурну динаміку й енергетичні характеристики. Дослідження актуальне у контексті вивчення механізмів утворення вторинних структур РНК, зокрема вірусної. Метою дослідження було вивчення впливу уридинової тетради на стабільність G-квадруплексів фрагмента 24200 РНК SARS-CoV-2. Завдання дослідження: 1. Змоделювати тривимірну структуру G-квадруплекса з уридиновою тетрадою та без неї. 2. Провести молекулярно-динамічні симуляції для обох систем при температурах 293 К і 310 К. 3. Аналіз і порівняння енергетичних характеристик та структурної стабільності G-квадруплексів. Об’єкт дослідження: G-квадруплекси фрагмента 24200 РНК SARS-CoV-2. Предмет дослідження: вплив уридинової тетради на структурну стабільність G-квадруплекса. Методи дослідження: молекулярне моделювання, молекулярна динаміка (GROMACS), аналіз енергетичних і структурних параметрів. Наукова новизна одержаних результатів: Вперше змодельовано тривимірну структуру G-квадруплекса фрагмента 24200 РНК з уридиновою тетрадою і проведено молекілярну динаміку з даною системо при температурах 293,16 К і 310,16 K. Встановлено, що уридинова тетрада підвищує стабільність G-квадруплекса при фізіологічних температурах. Проаналізовано структурні параметри та вільну енергію обох систем. Показано зміну конформаційної динаміки у присутності уридинової тетради. Встановлено, що уридинова тетрада не впливає на стабільність Gквадруплекса, але при 310,16 K система з уридиновою тетрадою є найбільш енергетично вигідною, що потребує подальших досліджень і оптимізацій. Практичне значення: результати дослідження дозволяють глибше зрозуміти механізми стабілізації G-квадруплексів у вірусних геномах, що є перспективним для розробки нових терапевтичних підходів. В рамках одного з завдань магістерської дисертації було розроблено стартаппроєкт «Розробка вебсервісу G-QuadModeler для моделювання і вивчення G4», який може стати інструментом для подальших досліджень.100 с.ukG-квадруплексиуридинова тетрадаРНКSARSCoV-2молекулярне моделюваннястабільністьg-quadruplexeu-tetradernasars-cov-2molekulare modellierungstabilitätenergetische günstigkeitMaster Thesis57:51-76;57.02.001.57