Програмне забезпечення для пошуку точок зміни триплетної періодичності

Скорочена інформація про документ
dc.contributor.authorКисляк, С. В.
dc.contributor.authorІллєнок, М. П.
dc.date.accessioned2020-05-26T12:47:30Z
dc.date.available2020-05-26T12:47:30Z
dc.date.issued2019
dc.description.abstractenWith the advent of new generation sequencing methods, an exponential increase in molecular-biological data is observed. Data banks of biological sequences, such as GenBank [1], UniProt [2], KEGG [3] and others have reached large sizes. At the same time, the velocity of the description of the sequenced sequences is considerably lagging behind the rate of their accumulation. With such an increase in the volume of information, solving the problem of "lagging" is impossible without the use of effective algorithms. A rather interesting, complex and deserving attention and detailed study is the direction of genomics responsible for finding efficient algorithms for solving the problem of pro and eukaryote gene identification. The most popular are software products that allow finding genes in accordance with the received pairwise alignment of the sequences using the dynamic programming method. This approach does not allow to explore all areas of the nucleotide sequence, since most of the genes have evolved during evolution, for example, by point mutations or the encoding region of the gene was obtained due to the incorporation of several genes. In such a situation, information about the sites forming hybrid genes will not be available in the databases. Noteworthy is the non-trivial algorithm that was described in [4]. Finding the points of triplet periodicity change for a direct and backward complementary sequence enables the definition of coordinates that may indicate the location of the combination of the two genes.uk
dc.description.abstractruРеферат- с появлением методов секвенирования нового поколения наблюдается экспоненциальное увеличение молекулярнобиологических данных. Банки данных биологических последовательностей, такие как GenBank [1], UniProt [2], KEGG [3] и другие достигли больших размеров. При этом скорость описания просеквенованих последовательностей значительно отстает от скорости их накопления. При таком увеличении объема информации, решить проблему «отставания» невозможно без применения эффективных алгоритмов. Достаточно интересным, сложным и заслуживающим внимания и тщательного исследования является направление геномики, отвечающий за поиск эффективных алгоритмов для решения задачи идентификации генов про- и эукариот. Наиболее популярными являются программные продукты, позволяющие находить гены в соответствии к полученному парному выравниванию последовательностей методом динамического программирования. Такой подход не позволяет исследовать все участки нуклеотидной последовательности, поскольку большинство генов на протяжении эволюции изменялись за счет, например, точечных мутаций или кодирующая участок гена была получена за счет объединения нескольких генов. В такой ситуации информация об участках, которые формируют гибридные гены, будет отсутствовать в базах данных. Заслуживает внимания нетривиальный алгоритм, который был описан в работе [4]. Поиск точек изменения триплетной периодичности для прямой и обратно комплементарной последовательности дает возможность определения координаты, которые могут указывать на место объединение двух генов.uk
dc.description.abstractukРеферат – з появою методів секвенування нового покоління спостерігається експоненційне збільшення молекулярнобіологічних даних. Банки даних біологічних послідовностей, такі як GenBank [1], UniProt [2], KEGG [3] та інші досягли великих розмірів. При цьому швидкість опису просеквенованих послідовностей значно відстає від швидкості їх накоплення. При такому збільшенні об’єму інформації, вирішити проблему «відставання» неможливо без застосування ефективних алгоритмів. Досить цікавим, складним та таким, що заслуговує уваги та детального дослідження є напрямок геноміки, що відповідає за пошук ефективних алгоритмів для вирішення задачі ідентифікації генів про – та еукаріот. Найбільш популярними є програмні продукти, що дозволяють знаходити гени відповідно до отриманого парного вирівнювання послідовностей методом динамічного програмування. Такий підхід не дозволяє дослідити всі ділянки нуклеотидної послідовності, оскільки більшість генів протягом еволюції змінювались за рахунок, наприклад, точкових мутацій або кодуюча ділянка гена була отримана за рахунок об`єднання декількох генів. В такій ситуації інформація про ділянки, що формують гібридні гени, буде відсутньою в базах даних. Заслуговує уваги нетривіальний алгоритм, що був описаний в роботах [4]. Пошук точок зміни триплетної періодичності для прямої та зворотно компліментарної послідовності дає можливість визначення координат, які можуть вказувати на місце об’єднання двох генів.uk
dc.format.pagerangeС. 1-8uk
dc.identifier.citationКисляк, С. В. Програмне забезпечення для пошуку точок зміни триплетної періодичності / Кисляк С. В., Іллєнок М. П. // Біомедична інженерія і технологія. – 2019. – №2. – С. 1-8. – Бібліогр.: 36 назв.uk
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.20535/2617-8974.2019.2.184696
dc.identifier.urihttps://ela.kpi.ua/handle/123456789/33760
dc.language.isoukuk
dc.publisherКПІ ім. Ігоря Сікорськогоuk
dc.publisher.placeКиївuk
dc.sourceБіомедична інженерія і технологія, 2019, №2uk
dc.subjectнуклеотидна послідовністьuk
dc.subjectтриплетна періодичністьuk
dc.subjectгібридні гениuk
dc.subjectsearch for points of change of triplet periodicityuk
dc.subjectnucleotide sequenceuk
dc.subjectalignment methodsuk
dc.subjectпоиск точек изменения триплетной периодичностиuk
dc.subjectнуклеотидна последовательностьuk
dc.subjectметоды выравниванияuk
dc.subject.udc004.45uk
dc.titleПрограмне забезпечення для пошуку точок зміни триплетної періодичностіuk
dc.typeArticleuk

Файли

Контейнер файлів
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз
Назва:
BmET-2019-2_p1-8.pdf
Розмір:
711.91 KB
Формат:
Adobe Portable Document Format
Опис:
Завантажити
Ліцензійна угода
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз недоступний
Назва:
license.txt
Розмір:
9.06 KB
Формат:
Item-specific license agreed upon to submission
Опис:
Завантажити

Зібрання

Біомедична інженерія і технологія, № 2