Designing a multi-epitope vaccine candidate to MERS-CoV: an in silico approach

Скорочена інформація про документ
dc.contributor.authorMajeed, M. N.
dc.contributor.authorIqbal, A.
dc.contributor.authorMurtaza, N.
dc.contributor.authorHerrera-Zúñiga, L. D.
dc.contributor.authorSiddique, S.
dc.contributor.authorRaza, M.
dc.contributor.authorHussain, M.
dc.contributor.authorSajid, M.
dc.date.accessioned2024-12-11T10:54:37Z
dc.date.available2024-12-11T10:54:37Z
dc.date.issued2024
dc.description.abstractПроблематика. Коронавірус Близькосхідного респіраторного синдрому (MERS-CoV), асоційований із важкими респіраторними захворюваннями, походить із регіону Близького Сходу. Вірус передається від тварин до людини, при цьому основним резервуа- рним хазяїном є одногорбий верблюд. Високий рівень смертності від вірусу спонукав до розроблення вакцин і терапевтичних засобів. Мета. Із застосуванням in silico підходу розробити потенційну вакцину проти MERS-CoV, зосереджуючись на білку M як антигені. Методика реалізації. Послідовність білка M у форматі FASTA використовувалася для прогнозування епітопів B-клітин і епітопів головного комплексу гістосумісності I і II класу. З цих передбачуваних епітопів були обрані найкращі. До складу вакцини- кандидата входять епітопи, лінкери та мітки. Послідовність конструкції вакцини-кандидата, що складається з 390 амінокислот, було зворотно транскрибовано, оптимізовано і вставлено в плазміду з метою клонування та експресії за допомогою SnapGene. Innov Biosyst Bioeng, 2024, vol. 8, no. 3 17 Тривимірну структуру вакцини-кандидата було доковано з рецептором TLR-4. Моделювання молекулярної динаміки докованого комплексу було виконано за допомогою GROMACS gmx, версія 2021.4. Результати. За допомогою комп’ютерного моделювання й аналізу розроблено нову вакцину-кандидата із перспективними структурними та функціональними властивостями. Наші результати свідчать про те, що розроблена вакцина-кандидат має потенціал викликати сильну імунну відповідь. Висновки. Застосований in silico підхід пропонує до розгляду перспективну вакцину-кандидата проти MERS-CoV, яка здатна викликати як гуморальну, так і клітинну імунну відповідь. Цей кандидат має потенціал забезпечити захист широкого спектру від MERS-CoV.
dc.description.abstractotherBackground. Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV), associated with severe respiratory illness, originates from the Middle East region. The virus is transmitted from animals to humans, with the dromedary camel serving as a significant reservoir. The virus's high fatality rate has spurred research into vaccine development and therapeutics. Objective. This study aimed to employ an in silico approach to design a potential vaccine candidate against MERS-CoV, focusing on the M protein as an antigen. Methods. The FASTA sequence of M protein was used to predict B cell and major histocompatibility complex class I and class II epitopes. The best epitopes were selected from these predicted epitopes. The vaccine candidate's construct consisted of epitopes, linkers, and a tag. The sequence of the vaccine candidate's construct, consisting of 390 amino acids, was back-translated, optimized, and then inserted into a plasmid for cloning and expression using SnapGene. The 3D structure of the vaccine candidate is docked with TLR-4 receptor. Molecular dynamics simulation was run for this docked complex using GROMACS gmx, version 2021.4. Results. Through computational modeling and analysis, we developed a novel vaccine candidate with promising structural and functional properties. Our results suggest that the designed vaccine candidate has the potential to induce a robust immune response. Conclusions. This in silico approach presents a promising MERS-CoV vaccine candidate designed to trigger both humoral and cellular immune responses. This candidate holds the potential to provide broad-spectrum protection against MERS-CoV.
dc.format.pagerangePp. 3-17
dc.identifier.citationDesigning a multi-epitope vaccine candidate to MERS-CoV: an in silico approach / M. N. Majeed, A. Iqbal, N. Murtaza, L. D. Herrera-Zúñiga, S. Siddique, M. Raza, M. Hussain, M. Sajid // Innovative Biosystems and Bioengineering : international scientific journal. – 2024. – Vol. 8, No. 3. – P. 3-17. – Bibliogr.: 39 ref.
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.20535/ibb.2024.8.3.296662
dc.identifier.urihttps://ela.kpi.ua/handle/123456789/71143
dc.language.isoen
dc.publisherIgor Sikorsky Kyiv Polytechnic Institute
dc.publisher.placeKyiv
dc.relation.ispartofInnovative Biosystems and Bioengineering: international scientific e-journal, Vol. 8, No. 3
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.titleDesigning a multi-epitope vaccine candidate to MERS-CoV: an in silico approach
dc.typeArticle

Файли

Контейнер файлів
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз
Назва:
3-17.pdf
Розмір:
2.16 MB
Формат:
Adobe Portable Document Format
Завантажити
Ліцензійна угода
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз недоступний
Назва:
license.txt
Розмір:
8.98 KB
Формат:
Item-specific license agreed upon to submission
Опис:
Завантажити

Зібрання

Innovative Biosystems and Bioengineering: international scientific e-journal, Vol. 8, No. 3