In silico analysis of anti-cervical cancer drug off-target effects on diverse protein isoforms for enhanced therapeutic strategies

Скорочена інформація про документ
dc.contributor.authorAzhar, Iqbal
dc.contributor.authorFaisal, Ali
dc.contributor.authorShanza, Choudhary
dc.contributor.authorAdiba, Qayyum
dc.contributor.authorFiza, Arshad
dc.contributor.authorSara, Ashraf
dc.contributor.authorMoawaz, Aziz
dc.contributor.authorAsad, Ullah Shakil
dc.contributor.authorMomina, Hussain
dc.contributor.authorMuhammad, Sajid
dc.contributor.authorSheikh, Arslan Sehgal
dc.date.accessioned2023-12-19T13:51:52Z
dc.date.available2023-12-19T13:51:52Z
dc.date.issued2023
dc.description.abstractBackground. Cervical cancer is a serious medical condition that affects hundreds of thousands of individuals worldwide annually. The selection and analysis of suitable gene targets in the early stages of drug design are crucial for combating this disease. However, overlooking the presence of various protein isoforms may result in unwanted therapeutic or harmful side effects. Objective. This study aimed to provide a computational analysis of the interactions between cervical cancer drugs and their targets, influenced by alternative splicing. Methods. Using open-access databases, we targeted 45 FDA-approved cervical cancer drugs that target various genes having more than two distinct protein-coding isoforms. To check the conservation of binding pocket in isoforms of the genes, multiple sequence analysis was performed. To better understand the associations between proteins and FDA-approved drugs at the isoform level, we conducted molecular docking analysis. Results. The study reveals that many drugs lack potential targets at the isoform level. Further examination of various isoforms of the same gene revealed distinct ligand-binding pocket configurations, including differences in size, shape, electrostatic characteristics, and structure. Conclusions. This study highlights the potential risks of focusing solely on the canonical isoform, and ignoring the impact of cervical cancer drugs on- and off-target effects at the isoform level. These findings emphasize the importance of considering interactions between drugs and their targets at the isoform level to promote effective treatment outcomes.uk
dc.description.abstractotherПроблематика. Рак шийки матки є серйозним захворюванням, яке щорічно вражає сотні тисяч людей у всьому світі. Вибір і аналіз відповідних генів-мішеней на ранніх стадіях розробки ліків є вкрай важливим для боротьби з цією хворобою. Однак якщо залишити наявність різних ізоформ білка поза увагою, то можуть виникнути небажані терапевтичні або шкідливі побічні ефекти. Мета. Провести обчислювальний аналіз взаємодії між ліками проти раку шийки матки та їхніми мішенями, на які впливає аль-тернативний сплайсинг. Методика реалізації. Використовуючи бази даних відкритого доступу, ми націлилися на 45 схвалених FDA ліків від раку шийки матки, які спрямовані на різні гени, що мають більше двох різних ізоформ, які кодують білок. Щоб перевірити збереження кишені зв’язування в ізоформах генів, ми виконали множинний аналіз послідовностей. Щоб краще зрозуміти зв’язок між білками та схваленими FDA препаратами на рівні ізоформ, ми провели молекулярний докінг-аналіз. Результати. Дослідження показує, що багатьом препаратам бракує потенційних мішеней на рівні ізоформ. Подальше дослідження різних ізоформ того самого гена виявило різні конфігурації кишень, що зв’язують ліганд, включаючи відмінності в роз-мірі, формі, електростатичних характеристиках і структурі. Висновки. Це дослідження підкреслює потенційні ризики зосередження виключно на канонічній ізоформі й ігнорування цільового та нецільового впливу ліків проти раку шийки матки на рівні ізоформ. Ці результаті підкреслюють важливість розгляду взаємодії між ліками та їхніми мішенями на рівні ізоформ для сприяння ефективному лікуванню.uk
dc.format.pagerangePp. 36-47uk
dc.identifier.citationIn silico analysis of anti-cervical cancer drug off-target effects on diverse protein isoforms for enhanced therapeutic strategies / Azhar Iqbal, Faisal Ali, Shanza Choudhary, Adiba Qayyum, Fiza Arshad, Sara Ashraf, Moawaz Aziz, Asad Ullah Shakil, Momina Hussain, Muhammad Sajid, Sheikh Arslan Sehgal // Innovative Biosystems and Bioengineering : international scientific journal. – 2023. – Vol. 7, No. 4. – P. 36-47. – Bibliogr.: 56 ref.uk
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.20535/ibb.2023.7.4.288017
dc.identifier.orcid0000-0001-7830-0685uk
dc.identifier.urihttps://ela.kpi.ua/handle/123456789/63220
dc.language.isoenuk
dc.publisherIgor Sikorsky Kyiv Polytechnic Instituteuk
dc.publisher.placeKyivuk
dc.relation.ispartofInnovative Biosystems and Bioengineering: international scientific e-journal, Vol. 7, No. 4uk
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.subjectcervical canceruk
dc.subjectisoformsuk
dc.subjectmolecular dockinguk
dc.subjectinteraction analysisuk
dc.subjectbioinformatics approachesuk
dc.subjectрак шийки маткиuk
dc.subjectізоформиuk
dc.subjectмолекулярний докінгuk
dc.subjectаналіз взаємодіїuk
dc.subjectбіоінформаційні підходиuk
dc.titleIn silico analysis of anti-cervical cancer drug off-target effects on diverse protein isoforms for enhanced therapeutic strategiesuk
dc.title.alternativeАналіз in silico нецільової дії ліків проти раку шийки матки на різноманітні ізоформи білка для розширених терапевтичних стратегійuk
dc.typeArticleuk

Файли

Контейнер файлів
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз
Назва:
288017-675319-1-10-20231205.pdf
Розмір:
1.97 MB
Формат:
Adobe Portable Document Format
Опис:
Завантажити
Ліцензійна угода
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз недоступний
Назва:
license.txt
Розмір:
9.01 KB
Формат:
Item-specific license agreed upon to submission
Опис:
Завантажити

Зібрання

Innovative Biosystems and Bioengineering: international scientific e-journal, Vol. 7, No. 4