Виявлення геномних маркерів для ідентифікації та діагностики штамів Bordetella bronchiseptica
Вантажиться...
Дата
2026
Науковий керівник
Назва журналу
Номер ISSN
Назва тому
Видавець
КПІ ім. Ігоря Сікорського
Анотація
Магістерська дисертація на тему: « Виявлення геномних маркерів для ідентифікації та діагностики штамів Bordetella bronchiseptica » обсягом 124 сторінок, містить 18 рисунків, 41 таблицю, 96 посилань на джерела. У контексті концепції «Єдине здоров'я» (One Health) моніторинг Bordetella bronchiseptica, полігостального респіраторного патогена тва рин із зоонозним потенціалом, набуває критичного значення. Сучасні виклики ветеринарної медицини та євроінтеграційні обмеження щодо превентивного використання антибіотиків вимагають надшвидкої та точної етіологічної діагностики безпосередньо на локаціях утримання тварин (Point-of-Care). Однак традиційні мікробіологічні методи є надто тривалими (до 7 діб), а наявні комерційні ПЛР -системи здебільшого орієнтовані на медичні панелі й дають хибнопозитивні результати через перехресну реактивність з іншими рухливими ветеринарними бордетелами. З огляду на цей діагностичний вакуум, виникає гостра необхідність у пошуку нових, абсолютно видоспецифічних геномних маркерів. Використання архівних польових штамів епохи до інтенсивного застосування вакцин як унікального «біологічного зрізу» для повногено много секвенування дозволяє розв'язати цю проблему, ідентифікувати стабільні мішені та розробити інноваційні, економічно доступні засоби експрес-діагностики за технологією LAMP. Метою роботи було біоінформатичне обґрунтування та виявлення специфічних, евол юційно консервативних геномних маркерів для ідентифікації та молекулярно -генетичної діагностики штамів Bordetella bronchiseptica. Для досягнення поставленої мети потрібно виконати такі завдання: відновити архівні ліофілізовані штами B. bronchiseptica (1980-1987 рр.) та провести селективну реізоляцію для деконтамінацї сторонньої мікрофлори; оцінити життєздатність та підтвердити фенотипову характеристику B.bronchiseptica; 2 оптимізувати протокол екстракції високомолекулярної геномної ДНК, порівнявши ефективність методу висолювання та методу магнітної сорбції; здійснити повногеномне нанопорове секвенування відібраних зразків; провести біоінформатичний аналіз отриманих результатів; розробити стартап-проєкт: створення тест-системи «Bb-LAMP-Detect» для виявлення ДНК Bordetella bronchiseptica на основі колориметричної LAMP-ампліфікації. Об’єкт дослідження – процес молекулярно-генетичної ідентифікації та геномної характеристики штамів Bordetella bronchiseptica. Предмет дослідження – закономірності мо лекулярно-генетичної організації та філогенетичної диференціації штамів B.bronchiseptica, що виявляються через варіабельність специфічних маркерів. Методи дослідження: мікробіологічні, молекулярні, біоінформатичні. Перелік наукових публікацій: 1. Голікова О. С. Фактори вірулентності Bordetella bronchiseptica : патогеномний огляд референсного штаму RB50. 2026: Матеріали ХХ Міжнародної науково -практичної конференції «Біотехнологія XXI століття» : Матеріали міжнар. конф., м. Київ, 7 трав. 2026 р. С. 287–290. 2. Голікова О. С., Ламза Г. С. Петлева ізотермічна ампліфікація (LAMP): специфіка дизайну праймерів. 2026: Матеріали ХХ Міжнародної науково - практичної конференції «Біотехнологія XXI століття» : Матеріали міжнар. конф., м. Київ, 7 трав. 2026 р. С. 291–294
Опис
Ключові слова
Bordetella bronchiseptica, геномний маркер, ген cheZ, повногеномне секвенування (WGS), біоінформатичні методи, genomic marker, cheZ gene, wholegenome sequencing (WGS), bioinformatic methods
Бібліографічний опис
Голікова, О. С. Виявлення геномних маркерів для ідентифікації та діагностики штамів Bordetella bronchiseptica : магістерська дис. : 162 «Біотехнології та біоінженерія» / Голікова Олександра Сергіївна. – Київ, 2026. – 106 с.