Створення хмарного біоінформатичного програмного забезпечення для аналізу даних експресії генів людини
Ескіз недоступний
Дата
2020-05
Науковий керівник
Назва журналу
Номер ISSN
Назва тому
Видавець
КПІ ім. Ігоря Сікорського
Анотація
Транскриптоміка — це сукупність методів, що займаються аналізом даних експресії генів. Більшість ранніх транскриптомних методів цікавилася широкою групою генів. На додаток до проведення дослідницьких аналізів, заснованих на нормалізації рівня експресії, було спрямовано чимало зусиль на оптимізацію статистичних тестів, що вирішують, чи є різниця в експресії вибраного гену між двома (або більше) умовами (фенотипами). Такий аналіз називається аналізом диференціальної експресії (Differential Gene Expression analysis, DGE). Двома основними завданнями всіх інструментів DGE є:
1. Оцінити величину диференціальної експресії між двома або більше умовами на основі підрахунку читання від повторених зразків, тобто обчислити зміну кількості зчитувань у ході секвенування.
2. Оцінити статистичну значущість різниці.
Оглянувши типові види візуалізацій, ми можемо встановити, що існуючі методи: складні в розумінні та вимагають значного поглиблення для повного розуміння. Зазвичай не дозволяють функціонально оцінити набори генів на генному рівні. Я створив нову візуалізацію, яка дозволяє це зробити.
Крім того, було створено програмне забезпечення для відображення цієї та інших відомих візуалізацій.
Опис
Ключові слова
транскриптоміка, біоінформатичне програмне забезпечення, експресія, аналіз збагачення наборів генів, transcriptomics, bioinformatic software, gene expression, gene set enrichment analysis
Бібліографічний опис
Шинкаренко, О. А. Створення хмарного біоінформатичного програмного забезпечення для аналізу даних експресії генів людини : магістерська дис. : 162 Біотехнології та біоінженерія / Шинкаренко Олександр Андрійович. – Київ, 2020. – 80 с.