Класифікування пробіотиків-продуцентів біогенних магнітних наночастинок у «зеленому синтезі»

Скорочена інформація про документ
dc.contributor.advisorГоробець, Світлана Василівна
dc.contributor.authorГуменюк, Анастасія Сергіївна
dc.date.accessioned2025-08-26T12:55:39Z
dc.date.available2025-08-26T12:55:39Z
dc.date.issued2025
dc.description.abstractДипломна робота містить: 74 сторінки, 6 таблиць, 7 рисунків, перелік посилань із 87 найменувань, 7 додатків. Деякі види та штами пробіотиків здатні синтезувати біогенні наночастинки, що мають широке застосування у різних галузях. Біоінформатичний пошук гомологів основних білків біомінералізації магнітотаксисних бактерій (mamA, mamB, mamM, mamE, mamO) дозволяє проводити швидкий пошук імовірних продуцентів, із визначенням локалізації та типу внутрішньої будови наночастинок. Об’єкти дослідження: основні білки біомінералізації Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (mamA, mamB, mamM, mamE, mamO) та протеоми 199 штамів 31 виду пробіотиків. Предмет дослідження: проблема взаємозв’язку локалізації (внутрішньоклітинна, зовнішньоклітинна) та типу внутрішньої будови біогенних наночастинок (кристалічна, аморфна) з наявністю гомологів основних білків біомінералізації БМН Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (mamA, mamB, mamM, mamE, mamO) у пробіотиків. Мета роботи - розробка моделі для класифікації пробіотиків за локалізацією та типом внутрішньої будови біогенних наночастинок на основі даних про наявність в їх протеомах гомологів основних білків біомінералізації БМН Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1(mamA, mamB, mamM, mamE, mamO) Матеріали дослідження: протеоми 199 штамів 31 виду пробіотиків; амінокислотні послідовності основних білків біомінералізації (mamA, mamB, mamM, mamE, mamO) магнітотаксисної бактерії Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1. Методи дослідження: попарне вирівнювання амінокислотних послідовностей у програмі «BLAST» ; методи машинного навчання (дерево рішень та випадковий ліс).У роботі біоінформатичними методами встановлено, що переважна більшість пробіотиків утворює внутрішньоклітинні наночастинки. За типом внутрішньої будови переважають кристалічні, хоча наявні і аморфні наночастинки. Показано, що у різних пробіотиків одного виду можуть утворюватися різні за локалізацією та типом внутрішньої будови біогенні наночастинки, що додатково підтверджує необхідність точного визначення штаму мікроорганізму, що володіють механізмом біомінералізації для їх використання у зеленому синтезі біогенних наночастинок.
dc.description.abstractotherThe diploma thesis contains: 74 pages, 6 tables, 7 figures, a list of references comprising 87 items, and 7 appendices. Some species and strains of probiotics are capable of synthesizing biogenic nanoparticles, which have wide applications in various fields. A bioinformatic search for homologs of the key biomineralization proteins of magnetotactic bacteria (mamA, mamB, mamM, mamE, mamO) enables rapid identification of potential producers, with determination of the localization and type of internal structure of the nanoparticles. Objects of the study: key biomineralization proteins of Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (mamA, mamB, mamM, mamE, mamO) and the proteomes of 199 strains of 31 species of probiotics. Subject of the study: the problem of the relationship between the localization (intracellular, extracellular) and the type of internal structure of biogenic nanoparticles (crystalline, amorphous) with the presence of homologs of the key biomineralization proteins of BMNs in Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (mamA, mamB, mamM, mamE, mamO) in probiotics. Purpose of the work: development of a model for classifying probiotics according to the localization and type of internal structure of biogenic nanoparticles based on data on the presence of homologs of the key biomineralization proteins of BMNs in Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (mamA, mamB, mamM, mamE, mamO) in their proteomes. Research materials: proteomes of 199 strains of 31 species of probiotics; amino acid sequences of the key biomineralization proteins (mamA, mamB, mamM, mamE, mamO) of the magnetotactic bacterium Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1. Research methods: pairwise alignment of amino acid sequences using the “BLAST” program; machine learning methods (decision tree and random forest). Using bioinformatic methods, it was established that the vast majority of probiotics form intracellular nanoparticles. Crystalline nanoparticles predominate in terms of internal structure, although amorphous ones are also present. It was shown that different probiotics of the same species can form biogenic nanoparticles that differ in localization and internal structure, which additionally confirms the necessity of accurate identification of the microorganism strain possessing the biomineralization mechanism for their use in green synthesis of biogenic nanoparticles.
dc.format.extent196 с.
dc.identifier.citationГуменюк, А. С. Класифікування пробіотиків-продуцентів біогенних магнітних наночастинок у «зеленому синтезі» : дипломна робота ... бакалавра : 162 Біотехнології та біоінженерія / Гуменюк Анастасія Сергіївна. — Київ, 2025. — 196 с.
dc.identifier.urihttps://ela.kpi.ua/handle/123456789/75680
dc.language.isouk
dc.publisherКПІ ім. Ігоря Сікорського
dc.publisher.placeКиїв
dc.subjectбіомінералізація
dc.subjectбіогенні магнітні наночастинки
dc.subjectштучні магнітні наночастинки
dc.subjectпробіотики
dc.subjectосновні білки біомінералізації
dc.subjectкласифікація
dc.subjectмашинне навчання
dc.subjectbiomineralization
dc.subjectbiogenic magnetic nanoparticles
dc.subjectartificial magnetic nanoparticles
dc.subjectprobiotics
dc.subjectkey biomineralization proteins
dc.subjectclassification
dc.subjectmachine learning
dc.titleКласифікування пробіотиків-продуцентів біогенних магнітних наночастинок у «зеленому синтезі»
dc.title.alternativeClassification of probiotic producers of biogenic magnetic nanoparticles in «green synthesis»
dc.typeBachelor Thesis

Файли

Контейнер файлів
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз
Назва:
Humeniuk_bakalavr.pdf
Розмір:
2.81 MB
Формат:
Adobe Portable Document Format
Завантажити
Ліцензійна угода
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз недоступний
Назва:
license.txt
Розмір:
8.98 KB
Формат:
Item-specific license agreed upon to submission
Опис:
Завантажити

Зібрання

Бакалаврські роботи (КББЕ)
Бакалаврські роботи