Систематизація метаданих і визначення статі плоду за даними експресії генів
Вантажиться...
Дата
2025
Автори
Науковий керівник
Назва журналу
Номер ISSN
Назва тому
Видавець
КПІ ім. Ігоря Сікорського
Анотація
Дипломна робота містить: 108 сторінок, 23 рисунки, 2 таблиці, 4 додатки, 164 посилань на літературні джерела. Об'єкт дослідження: інтегрована матриця транскриптомних даних децидуальної тканини плаценти людини, отримана з трьох мікрочіпових платформ Illumina (серії GSE60438 та E-TABM-682) і складена зі 125 зразків із відомою статтю плода та 104 зразків без такої інформації. Предмет дослідження: систематизовані метадані за диференційною експресією X- та Y-специфічних генів і їх використання в моделі машинного навчання для прогнозування статі плода. Мета роботи: розробити й валідувати біоінформатичний пайплайн, що уніфікує дані різних платформ, усуває технічний шум і на основі експресії ключових генів достовірно визначає стать плода у зразках децидуальної тканини плаценти. Матеріали і методи дослідження: сирі файли Illumina WG-6 v3, HT-12 V4 та WG-6 v2; Python 3.12 (gzip, numpy, pandas, scanpy, scikit-learn, matplotlib) та R 4.3.1 (massiR, clusterProfiler, pROC, ggplot2, biomaRt). Використано корекцію батч-ефекту ComBat, PCA та теплові карти для контролю якості, масив-орієнтований алгоритм massiR для попередньої кластеризації, а також логістичну регресію з ознаками clusterID, silhouette width, XIST та 11 Y-генів; оцінка точності здійснювалася 25-кратною крос-перевіркою і ROC-аналізом. Наукова новизна: вперше біоінформатичними методами, які поєднали massiR, логістичну регресію та аналіз експресії гена XIST, за транскриптомними даними мікроарей-технології у децидуальній тканині, визначено стать плода.
Опис
Ключові слова
стать плода, децидуальна тканина, експресія статевих генів, massir, логістична регресія, машинне навчання
Бібліографічний опис
Архипов, П. Д. Систематизація метаданих і визначення статі плоду за даними експресії генів : дипломна робота … бакалавра : 162 Біотехнології та біоінженерія / Архипов Павло Дмитрович. — Київ, 2025. — 108 с.