Аналіз диференційно експресованих генів і біологічних процесів у плаценті людини між першим і другим триместром фізіологічної вагітності

Скорочена інформація про документ
dc.contributor.advisorМаринченко, Лоліта Вікторівна
dc.contributor.authorДжікірба, Роман Іванович
dc.date.accessioned2024-10-02T08:59:59Z
dc.date.available2024-10-02T08:59:59Z
dc.date.issued2024
dc.description.abstractДипломна робота містить: 177 сторінки, 35 рисунків, 5 таблиць, 2 додатки, 152 посилань на літературні джерела. Об'єкт дослідження: об’єднані дані експресії генів, що отримані в результаті інтегративного аналізу, у плаценті людини з першого (13 зразків) і другого (9 зразків) триместру нормальної вагітності. Предмет дослідження: диференційно експресовані гени та їх участь у біологічних процесах. Мета роботи: виявлення диференційно експресованих генів (ДЕГів) і збагачених біологічних процесів у плаценті людини між першим і другим триместром фізіологічної вагітності. Матеріали і методи дослідження: матриця з нормалізованими значеннями експресії анотованих генів після видалення батч-ефекту, яка містить профілі експресії генів тринадцяти плацентарних зразків з першого та дев’яти з другого триместрів фізіологічної вагітності. Методи – статистичні та біоінформатичні: програмне середовище R; аналіз диференційно експресованих генів – limma; побудова теплових карт – pheatmap, ComplexHeatmap; метод головних компонент – stats, factorextra; аналіз збагачених наборів генів – clusterProfiler, enrichplot. Результати роботи: ідентифіковано сім основних функціональних кластерів, що об’єднують 30 найбільш статистично значущих біологічних процесів, гени яких проявляють скоординовану і найбільш виражену зміну експресії у плаценті між першим і другим триместром фізіологічної вагітності. Наукова новизна: вперше за допомогою аналізу збагачених наборів генів (GSEA) визначено біологічні процеси, гени-учасники яких проявляють скоординовані найбільші зміни експресії у плаценті між першим і другим триместром фізіологічної вагітності.
dc.description.abstractotherThesis contains: 177 pages, 35 figures, 5 tables, 2 appendix, 152 references to literary sources. Object of research: combined gene expression data obtained as a result of integrative analysis in the human placenta from the first (13 samples) and second (9 samples) trimester of normal pregnancy. Subject of the research: differentially expressed genes and their participation in biological processes. Purpose of the study: identify differentially expressed genes (DEGs) and enriched biological processes in the human placenta between the first and second trimester of physiological pregnancy. Materials and methods: matrix with normalized values of annotated gene expression after batch effect removal, which contains gene expression profiles of thirteen placental samples from the first and nine from the second trimester of physiological pregnancy. Methods – statistical and bioinformatics: R software environment; differential gene expression analysis – Limma; building heatmaps – pheatmap, ComplexHeatmap; principal component analysis – stats, factorextra; gen set enrichments analysis – clusterProfiler, enrichplot. Results: seven main functional clusters were identified, uniting the 30 most statistically significant biological processes, the genes of which exhibit a coordinated and most significant change in expression in the placenta between the first and second trimester of physiological pregnancy. Original: for the first time, gen set enrichments analysis (GSEA) has identified biological processes in which genes exhibit coordinated largest changes in expression in the placenta.
dc.format.extent177 с.
dc.identifier.citationДжікірба, Р. І. Аналіз диференційно експресованих генів і біологічних процесів у плаценті людини між першим і другим триместром фізіологічної вагітності : дипломна робота … бакалавра : 162 Біотехнології та біоінженерія / Джікірба Роман Іванович. – Київ, 2024. – 177 с.
dc.identifier.urihttps://ela.kpi.ua/handle/123456789/69448
dc.language.isouk
dc.publisherКПІ ім. Ігоря Сікорського
dc.publisher.placeКиїв
dc.subjectбіомаркер
dc.subjectналіз диференційно експресованих генів
dc.subjectаналіз збагачених наборів генів
dc.subjectбіологічні процеси
dc.subjectплацента
dc.subjectускладнення вагітності
dc.titleАналіз диференційно експресованих генів і біологічних процесів у плаценті людини між першим і другим триместром фізіологічної вагітності
dc.typeBachelor Thesis

Файли

Контейнер файлів
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз
Назва:
Dzhikirba_bakalavr.pdf
Розмір:
5.33 MB
Формат:
Adobe Portable Document Format
Завантажити
Ліцензійна угода
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз недоступний
Назва:
license.txt
Розмір:
8.98 KB
Формат:
Item-specific license agreed upon to submission
Опис:
Завантажити

Зібрання

Бакалаврські роботи (КББЕ)
Бакалаврські роботи