Алгоритм пошуку тканиноспецифічних генів, продукти яких секретуються у кров, на прикладі плаценти людини
Loading...
Date
2023
Authors
Advisor
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
КПІ ім. Ігоря Сікорського
Abstract
Дипломна робота містить: 78 сторінок, 4 рисунки, 2 таблиці, 1 додаток,
122 посилань на літературні джерела.
Об’єкт дослідження: база даних диференційної експресії генів між другим і
першим триместрами фізіологічної вагітності.
Предмет дослідження: тканиноспецифічні гени, які кодують білки, що
секретуються у кров, та їх функціональні зв’язки з іншими генами.
Мета роботи: розробка алгоритму пошуку потенційних перспективних
біомаркерів прееклампсії на основі даних інтегративного аналізу.
Матеріали і методи дослідження: перелік 266 диференційно
експресованих генів між другим і першим триместрами фізіологічної вагітності із
абсолютним значенням кратності зміни експресії більше 1,0; база даних Human
Protein Atlas. Програмне забезпечення Python 3.8.6, бібліотеки openpyxl та
requests, модулі re, math та json; база даних STRING.
Результати роботи: розроблено алгоритм та програму пошуку генів, які є
тканиноспецифічними, і кодують білки, які секретуються у кров, з використанням
бази даних Human Protein Atlas. Встановлено шість диференційно експресованих
генів, продукти експресіх яких можуть секретуватися у кров та є плацентоспецифічними: CSHL1, EBI3, LIPG, CSH1, F13A1 і FOLR2. Було проаналізовано їх
функції, наявність зв’язків з іншими плацентоспецифічними білками.
Наукова новизна: вперше запропоновано гени LIPG і FOLR2, як потенційні
біомаркери здорового проходження вагітності між другим та першим триместром;
удосконалено алгоритм пошуку потенційних біомаркерів впровадженням даних
Human Protein Atlas та τ-критерія тканиноспецифічності.
Розроблений алгоритм може бути використаний для пошуку потенційних
маркерів ускладнень вагітності, пов’язаних з порушенням функцій плаценти,
таких як прееклампсія. Встановлені плацентоспецифічні гени можуть бути
досліджені далі як потенційні біомаркери.
Description
Keywords
біомаркер, алгоритм, плацента, прееклампсія, секреція, тканиноспецифічність
Citation
Кукуруза, Є. О. Алгоритм пошуку тканиноспецифічних генів, продукти яких секретуються у кров, на прикладі плаценти людини : дипломна робота … бакалавра : 162 Біотехнології та біоінженерія / Кукуруза Євгеній Олександрович. – Київ, 2023. – 78 с.