Алгоритм пошуку тканиноспецифічних генів, продукти яких секретуються у кров, на прикладі плаценти людини

Скорочена інформація про документ
dc.contributor.advisorМаринченко, Лоліта Вікторівна
dc.contributor.authorКукуруза, Євгеній Олександрович
dc.date.accessioned2023-10-04T08:04:13Z
dc.date.available2023-10-04T08:04:13Z
dc.date.issued2023
dc.description.abstractДипломна робота містить: 78 сторінок, 4 рисунки, 2 таблиці, 1 додаток, 122 посилань на літературні джерела. Об’єкт дослідження: база даних диференційної експресії генів між другим і першим триместрами фізіологічної вагітності. Предмет дослідження: тканиноспецифічні гени, які кодують білки, що секретуються у кров, та їх функціональні зв’язки з іншими генами. Мета роботи: розробка алгоритму пошуку потенційних перспективних біомаркерів прееклампсії на основі даних інтегративного аналізу. Матеріали і методи дослідження: перелік 266 диференційно експресованих генів між другим і першим триместрами фізіологічної вагітності із абсолютним значенням кратності зміни експресії більше 1,0; база даних Human Protein Atlas. Програмне забезпечення Python 3.8.6, бібліотеки openpyxl та requests, модулі re, math та json; база даних STRING. Результати роботи: розроблено алгоритм та програму пошуку генів, які є тканиноспецифічними, і кодують білки, які секретуються у кров, з використанням бази даних Human Protein Atlas. Встановлено шість диференційно експресованих генів, продукти експресіх яких можуть секретуватися у кров та є плацентоспецифічними: CSHL1, EBI3, LIPG, CSH1, F13A1 і FOLR2. Було проаналізовано їх функції, наявність зв’язків з іншими плацентоспецифічними білками. Наукова новизна: вперше запропоновано гени LIPG і FOLR2, як потенційні біомаркери здорового проходження вагітності між другим та першим триместром; удосконалено алгоритм пошуку потенційних біомаркерів впровадженням даних Human Protein Atlas та τ-критерія тканиноспецифічності. Розроблений алгоритм може бути використаний для пошуку потенційних маркерів ускладнень вагітності, пов’язаних з порушенням функцій плаценти, таких як прееклампсія. Встановлені плацентоспецифічні гени можуть бути досліджені далі як потенційні біомаркери.uk
dc.description.abstractotherThesis contains: 78 pages, 4 figures, 2 tables, 1 appendix, 122 references to literary sources. Object of research: a database of differential gene expression between the second and first trimesters of physiological pregnancy. Subject of research: tissue-specific genes that encode proteins secreted into the blood and their functional relationship with other genes. Purpose of the study: development of a search algorithm of potential promising biomarkers of preeclampsia based on results of integrative data analysis. Materials and methods: a list of 266 differentially expressed genes between the second and first trimesters of physiological pregnancy with the absolute value of the fold change of expression |log2(Fold Change)| > 1; Human Protein Atlas database. Python 3.8.6 software, openpyxl and requests libraries, re, math and json modules; STRING database. Results: a searching algorithm and a program for tissue-specific genes encoding proteins secreted into the blood was developed, that uses the open database Human Protein Atlas. Six differentially expressed genes which are placenta-specific and whose products can be secreted into the blood were identified: CSHL1, EBI3, LIPG, CSH1, F13A1 and FOLR2. The functions of these proteins were analyzed and the presence of interactions with other placenta-specific proteins was found. Novelty: for the first time LIPG and FOLR2 genes are proposed as potential biomarkers of healthy pregnancy between the second and first trimester; the search algorithm for potential biomarkers was improved by implementing Human Protein Atlas data and the τ-score of tissue specificity. The developed algorithm can be used to search for potential markers of pregnancy complications associated with impaired placental functions, such as preeclampsia. The established placenta-specific genes can be investigated further as potential biomarkers.uk
dc.format.extent78 с.uk
dc.identifier.citationКукуруза, Є. О. Алгоритм пошуку тканиноспецифічних генів, продукти яких секретуються у кров, на прикладі плаценти людини : дипломна робота … бакалавра : 162 Біотехнології та біоінженерія / Кукуруза Євгеній Олександрович. – Київ, 2023. – 78 с.uk
dc.identifier.urihttps://ela.kpi.ua/handle/123456789/60879
dc.language.isoukuk
dc.publisherКПІ ім. Ігоря Сікорськогоuk
dc.publisher.placeКиївuk
dc.subjectбіомаркерuk
dc.subjectалгоритмuk
dc.subjectплацентаuk
dc.subjectпрееклампсіяuk
dc.subjectсекреціяuk
dc.subjectтканиноспецифічністьuk
dc.titleАлгоритм пошуку тканиноспецифічних генів, продукти яких секретуються у кров, на прикладі плаценти людиниuk
dc.typeBachelor Thesisuk

Файли

Контейнер файлів
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз
Назва:
Kukuruza_bakalavr.pdf
Розмір:
2.09 MB
Формат:
Adobe Portable Document Format
Опис:
Завантажити
Ліцензійна угода
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз недоступний
Назва:
license.txt
Розмір:
1.71 KB
Формат:
Item-specific license agreed upon to submission
Опис:
Завантажити

Зібрання

Бакалаврські роботи (КББЕ)
Бакалаврські роботи